Batou Shoujo menceritakan tentang seorang gadis muda yang hidup di dunia dystopian penuh konflik dan bahaya. Ia memiliki kemampuan unik yang membuatnya menjadi incaran berbagai kelompok yang berkuasa. Dalam perjalanannya, ia berusaha mengungkap misteri masa lalunya sambil berjuang mempertahankan kemanusiaannya di tengah kekacauan. Dengan berbagai rintangan dan pertempuran yang harus dihadapi, Batou Shoujo menemukan teman dan musuh yang menguji tekadnya. Kisah ini menggali tema tentang identitas, kekuatan, dan harapan di dunia yang semakin kompleks dan keras.